Caractisation du systéme CRISPR-cas chez les klebsiella sp .
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Date
2020
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Abstract
Résumé : ( Français )
Le système procaryote CRISPR-Cas fournit une immunité adaptative contre les éléments génétiques invasifs. Les bactéries du genre Klebsiella sont d'importants agents pathogènes opportunistes nosocomiaux. Cependant, les informations sur le système CRISPR-Cas du Klebsiella restent largement inconnues. Ici, nous avons analysé les systèmes CRISPR-Cas de 13 génomes complets de Klebsiella ont été extraits de la base de données génomique du NCBI, y compris 8 K.pneumoniae, 1 K. oxytoca, 1 K. variicola et 3 K. michiganensis, loci CRISPR
dans les génomes Ont été identifiés par CRISPRFinder, NCBI BLAST a été utilisé pour identifier le gène cas dans la séquence des loci CRISPR.
Tous les éléments du système CRISPR-Cas (gènes cas, DR, séquences leaders) ont été caractérisés. La présente étude vis à fournir une analyse séquentielle approfondie du système CRISPR-Cas à Klebsiella.
Certaines différences importantes ont été trouvées par rapport à celle d'autres pathogènes de la famille des entérobactéries. Tout d'abord, une nouvelle forme de classification des gènes cas (appelée Type I-E *) a été trouvée. Bien que selon la méthode actuelle de classification, il devrait toujours s'agir d'un système
CRISPRCas de type I-E car aucun gène cas distinct n'a été trouvé au-delà. Mais la récent étude indique qu'ils sont différents à bien des égards.
MOTS Clés :
CRISPR-Cas, Klebsiella, elements mobile, génome
Description
Mémoire master 2 biologie
