- [FSNV-BIO] Théses de Master II
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- ItemÉvaluation de l'aérocontamination fongique au niveau de l'établissement hospitalier spécialiste de gynécologique obstétrique de Sidi Bel Abbes(2021) ZITOUNI Yassmine Oum Saad; ZEGGAI Chaimaà; Encadreur : KHALDI AminaRésumé : ( Français ) L'environnement hospitalier est constitué de l'ensemble des éléments liquides, solides et gazeux qui sont susceptibles d'entrer en contact avec le patient, les visiteurs et le personnel d'une structure d'hospitalisation. L’air intérieur est un facteur important de prévention des infections dans les unités de maternités, en effet la flore fongique aéroportée constitue un réel danger pour les patients hospitalisés dans le service à risque d’infection fongique nosocomiales notamment les immunodéprimés. La détermination qualitative te quantitative de la flore fongique de l’environnement de l’établissement hospitalier gynéco obstétrique de Sidi Bel Abbes à été effectué durant le mois d’avril et mai 2021. 40 prélèvements ont été effectués au niveau de maternité, dans cinq services de maternité : Bloc opératoire, Bloc d’accouchement, Service de grossesse haut risque, Service d’urgence. Notre étude sur la qualité de l'air au niveau de l'établissement hospitalier spécialisé en obstétrique et gynécologie au regard de sa teneur en champignons microscopiques a montré des résultats 100% positifs. Les moisissures sont beaucoup plus fréquentes que les levures. Parmi les genres les plus dominants des moisissures on note : le genre penicillium 13 isolats soit (43,33%) et Aspergillus flavus 09 isolats soit (30%) suivi par Aspergillus niger 08isolats soit (26,66%), Cladosporium 05 isolats soit (16,66%) ,Absidia sp 04 isolats soit(13,33%), Alternaria 03 isolats et Ulocladium 03 isolats soit (10%), Candida et Aspergillus versicollor 02 isolats soit (6,66%) et enfin Mucor sp,fusurium sp, Aspergillus terreus, Aspergillus glamus, Epicoccum ,Acremonium , Threcothecium sp , curvilaria, Aspergillus fumagatus 01 isolat pour chaque genre soit (3,33%). Les résultats obtenus montrent que les prélèvements effectués au niveau des quatre services d’Hospitalisation les sites les plus contaminés sont les salles d’accouchement (sous les tables d’accouchement), les lits, les salles des linges sales et les chariots par rapports les autres sites de prélèvement, les genres les plus dominants sont : Penicillium sp, Aspergillus flavus , Aspergillus niger Le suivi et la prévention des infections du site opératoire d'origine fongique est très important et permet de réduire de la souche pathogène. Il constitue notamment un critère de qualité de l’air, et permet de mettre en évidence, au niveau d’un hôpital comme au niveau d’un service en particulier, des facteurs de risques suspectés ou inattendus de développement des infections fongiques et nosocomiales. Mots clés : qualité d’air, BA, BO, GHR, aérocontamination fongique, infection fongique nosocomiale. Abstract : ( Anglais ) The hospital environment is made up of all the liquid, solid and gaseous elements that are likely to come into contact with the patient, visitors and the staff of a hospital structure. Indoor air is an important factor in the prevention of infections in maternity units, in fact the airborne fungal flora constitutes a real danger for patients hospitalized in the department at risk of nosocomial fungal infection, particularly the immunocompromised. The qualitative and quantitative determination of the fungal flora of the environment of the gynecoobstetric hospital of Sidi Bel Abbes was carried out during the months of April and May 2021. 30 samples were taken at the maternity ward, in FOUR maternity services: Operating room, Delivery room, High risk pregnancy service, Emergency service. Our study on the air quality at the level of the hospital specialized in obstetrics and gynecology with regard to its content of microscopic fungi showed 100% positive results. Molds are much more common than yeasts. Among the most dominant genera of molds we note: the genus penicillium 13 isolates (43.33%) and Aspergillus flavus 09 isolates (30%) followed by Aspergillus niger 08isolates (26.66%), Cladosporium 05 isolates or (16.66%), Absidia sp 04 isolates (13.33%), Alternaria 03 isolates and Ulocladium 03 isolates (10%), Candida and Aspergillus versicollor 02 isolates (6.66%) and finally Mucor sp, fusurium sp, Aspergillus terreus, Aspergillus glamus, Epicoccum, Acremonium, Threcothecium sp, curvilaria, Aspergillus fumagatus 01 isolate for each genus (3.33%). The results obtained show that the samples taken at the level of the four Hospitalization departments, the most contaminated sites are the delivery rooms (under the delivery tables), the beds, the dirty linen rooms and the trolleys. The other sampling sites, the most dominant genera are : Penicillium sp, Aspergillus flavus, Aspergillus niger Monitoring and prevention of surgical site infections of fungal origin is very important and helps reduce the pathogenic strain. In particular, it constitutes a criterion of air quality, and makes it possible to highlight, at the level of a hospital as well as at the level of a particular department, suspected or unexpected risk factors for the development of fungal and nosocomial infections. Keywords : air quality, BA, BO, GHR, fungal airborne contamination, nosocomial fungal infection.
- ItemÉtude des bactéries lactiques productrices des bactériocines dans les produits laitiers(2021) DJEBAILI Kaouther; Encadreur : OURAMDANE RefkaRésumé : ( Français ) Les bactéries lactiques font naturellement partie de notre environnement et notre alimentation .On reconnait depuis longtemps, aux bactéries lactiques la propriété de produire des substances antimicrobiennes et sont utilisées dans la fermentation et la bio-préservation des aliments. L’étude de souches bactériennes lactiques productrices des bactériocines à été entreprise à partir du lait cru de chèvre, l’isolement des bactéries lactiques nous a permis d’obtenir 6 souches (Gram positif et catalase négative) et sont par la suite purifiées et conservées. L’étude de l’ensemble des caractéristiques phénotypiques , biochimiques et physiologiques (teste de type fermentaire ,test de croissance à pH 3 , pH 9 , pH 7 , pH 4.5 , test de croissance à différentes températures ,le test de la thermo résistance et test d’effet d’oxygène ont permis d’identifier les critères des bactéries lactiques isolées. Les 6 souches ont été testées pour leur pouvoir inhibiteur à l’encontre de trois souches pathogènes référencées qui sont : Escherichia coli ATCC 25922, Staphylococcus aureus ATCC 25923.Pseudomonas aeruginosa ATCC 27853, par la méthode de diffusion en puits et la méthode de disque .L’interaction de nos souches lactiques et les bactéries pathogènes a donné des résultats positifs pour toutes les souches observées par la formation des zones d’inhibition. La souche 4, a été retenue pour sa forte activité bactéricide, notamment vis-à-vis de Escherichia coli ATCC 25922, Staphylococcus aureus ATCC 25923 par la méthode de disque et vis-à-vis de Pseudomonas aeruginosa ATCC 27853 par méthode des puits. Mots clés : bactéries lactiques, bactériocines, activité bactéricide, lait cru de chèvre, interactions. Abstract : ( Anglais ) Lactic acid bacteria are a natural part of our environment and our diet, and have long been known to produce antimicrobial substances and are used in the fermentation and biopreservation of food. The study of lactic bacteria strains producing bacteriocins was undertaken from raw goat milk. The isolation of lactic bacteria from raw goat milk allowed us to obtain 6 strains (Gram positive and catalase negative), which were purified and preserved. The study of all the phenotypic, biochemical and physiological characteristics (fermentative type test, growth test at pH 3, pH 9, pH 7, pH 4.5, growth test at different temperatures: 30°C, 45°C, 37°C and the thermoresistance test, and the oxygen effect test) allowed us to identify the criteria of the isolated lactic bacteria . The 6 strains were tested for their inhibitory povoire against three referenced pathogenic strains which are: Escherichia coli ATCC 25922, Staphylococcus aureus ATCC 25923. Pseudomonas aeruginosa ATCC 27853, by the method of diffusion in wells and the method of disk . The interaction of our lactic strains and the pathogenic bacteria gave positive results for all the strains, observed by creating zones of ihnibtion. Strain 4 was selected for its strong bactericidal activity, in particular against Escherichia coli ATCC 25922, Staphylococcus aureus ATCC 25923 by the disk method and against Pseudomonas aeruginosa ATCC 27853 by the well method. Key words: lactic acid bacteria, bacteriocins, antibacterial activity, raw goat milk, interactions.
- ItemIsolement des bactériophages à partir des écosystèmes aquatiques « Barrage Sarno à Wilaya de Sidi Bel Abbes » « Barrage Sidi Abdelli et El Mafrouche à Wilaya de Tlemcen »(2021) MEBARKI Insaf; Encadreur : Mme GhalemRésumé : ( Français ) Les phages sont des virus qui infectent de manière spécifique les bactéries. Le dicton « Les ennemis de nos ennemis sont nos amis » s’applique à l’utilisation de la phagothérapie contre les bactéries résistantes aux antibiotiques. L’objectif de notre travail est l’isolement des bactériophages à partir de trois milieux aquatiques et de mettre en évidence leur effet antibactérien naturel sur les souches ATCC d’Escherichia coli et Staphylococcus aureus en s’appuyant sur la méthode des plages de lyse. Les résultats obtenus montrent la présence des lyse phagique dans la majorité des échantillons pour S.aureus, et par rapport au E.coli l’absence de ces plages de lyses dans l’échantillon de Sidi Abdelli peut-être à cause du manque de sensibilité des souches testées ou bien au caractère lysogéniques des phages de cet échantillon. Mots clés : Bactériophages, Phagothérapie, Souche ATCC, Lyse phagique, Plages de lyse, Isolement. Abstract : ( Anglais ) Phages are viruses that specifically infect bacteria. The saying "The enemies of our enemies are our friends" applies to the use of phage therapy against antibiotic resistant bacteria. The objective of our work is to isolate bacteriophages from three aquatic environments and to demonstrate their natural antibacterial effect on the ATCC strains of Escherichia coli and Staphylococcus aureus using the plaque lysis method. The results obtained show the presence of phage lysis in the majority of samples for S. aureus, whereas, no phage lysis has been detected for E.coli in the sample of Sidi Abdelli. This fact may be explained by the lack of sensitivity of the tested strains or by the lysogenic character of the phages present in this sample. Keywords : Bacteriophages, Phagotherapy, ATCC strain, Phage lysis, Lysis ranges, Isolation.
- ItemEtude rétrospective du cancer du sein traité par chimiothérapie chez la femme en âge de procréation dans la wilaya de Sidi bel Abbes(2021) SAME Iméne; Encadreur : BENCHIHA Nawel NassimaRésumé : ( Français ) Contexte et objectif : le cancer du sein est actuellement la tumeur maligne la plus fréquente chez la femme. Les traitements de la chimiothérapie peuvent altérer la fonction de reproduction des femmes en âge de procréation atteintes d'un cancer du sein . L’intérêt de notre travail est d’étudier les facteurs pronostiques et prédictifs du cancer du sein en post-traitement par chimiothérapie néoadjuvante (CTN)et par chimiothérapie adjuvante (CTA). Une étude de la réponse au traitement par la CTN suivie d’une étude de survie, ont été menées. Enfin, une étude de l’impact du traitement chimiothérapique sur la fonction de la reproduction chez les femmes en âge de procrée a été réalisée. Matériels et méthodes : une étude transversale rétrospective s’étant de janvier 2015 à Mai 2021, elle concerne 470 patientes présentant un cancer du sein opérable au niveau du centre de lutte contre le cancer (CLCC) et du service de gynécologie-obstétrique et de grossesse à haut risque (GHR) de L’EHS Mère-Enfant de la wilaya de Sidi Bel Abbés. 355 d’entre elles ayant reçu une CTA et 115 traitées par CTN dont 18 patientes présentant un cancer du sein jeune. 50 patientes ayant un âge ≤ 50 ans, avaient été étudier pour élucider l’effet des drogues de ces approches thérapeutiques sur la fertilité de la femme dans la wilaya de Sidi Bel Abbès. Résultats : Les patientes sous CTA ont une moyenne d’âge supérieure à celles traités par CTN (52.07 ± 0.64 vs 48.73 ± 0.96) .La population avec CTN présentent respectivement de plus fort taux de récidive et de décès comparés à celles traitées par CTA (21.7% et 26.1% contre 3.1% et 2.8%). En réponse à la CTN, les patientes avec RH+ comparées à celles présentant des RH- avaient à 5 ans, un meilleur taux de survie globale (SG) (78.5% vs 60% , p=0.03) et de SSR (p=0.005) . Le taux de SG et de survie sans récidive (SSR) chez les patientes avec un envahissement ganglionnaire négatif par rapport à celui des patientes ayant un envahissement ganglionnaire positif était significativement meilleurs (80% vs 64.3% p= 0.009, 70.6% vs 66% p=0.018 respectivement). Les patientes jeune sous CTN avaient une SSR à 5 ans médiocre, comparée avec celles plus âgé (p= 0.005) . La ménopause chimio-induite et le cycle irrégulier étaient plus élevés chez la population CTA que le groupe CTN ( 20.6% et 23.5% contre 18.8% et 18.8% , P =0.048 respectivement ) , les patientes qui ont reçu CTN comparées à celle du groupe CTA affiche respectivement un taux élevé d’aménorrhée et de cycle régulier (50% et 12.5% contre 44.1% et 11.8% , P =0.048 respectivement ) . Conclusion : La survie sans récidive à 5 ans est médiocre chez la population jeune de notre échantillon, les méthodes de préservation de la fertilité doivent être utilisées chez les femmes en âge de procréation atteintes d'un cancer du sein avant le début du traitement afin de réduire l’impact de la chimiothérapie sur leurs réserves ovariennes. Mots clés : Cancer du sein - chimiothérapie néoadjuvante – chimiothérapie adjuvante –survie – pronostic - fertilité. Abstract : ( Anglais ) Background and Objective : breast cancer is currently the most common malignant tumour in women. Chemotherapy treatments may alter reproductive function of women of reproductive age with breast cancer .The aim of our work is to study the prognostic and predictive factors of breast cancer in post-treatment with neoadjuvant chemotherapy (NTC) and adjuvant chemotherapy (ACT). A study of the response to treatment by NTC followed by a survival study was conducted. Finally, a study of the impact of chemotherapy treatment on reproductive function in women of reproductive age was conducted. Materials and methods : a retrospective cross-sectional study was conducted from January 2015 to May 2021, 470 patients with operable breast cancer admitted to the oncology department medical center for the fight against cancer (CLCC) and the department of Gynaecology-Obstetrics and High Risk Pregnancy (GHR) of Mother-Child EHS of the Wilaya of Sidi Bel Abbés, 355 of them received (ACT) and 115 treated with (NCT), including 18 patients with young breast cancer. 50 patients aged ≤ 50 years, had been studied to elucidate the effect of drugs of these therapeutic approaches on the fertility of women in the wilaya of Sidi Bel Abbès. Results : Patients with (ACT) have an average age higher than those treated with CTN (52.07 0.64 vs 48.73 0.96) .The (NCT) population has higher recurrence and death rates compared to those treated with (ACT) (21.7% and 26.1% respectively versus 3.1% and 2.8%) . In response to NTC, patients with hormonal receptor (HR+) compared to those with (HR-) were at 5 years , a higher rate of overall survival (OS). (78.5% vs. 60%, p=0.03) and DFS (p=0.005) . OS and DFS rates in patients with negative lymph node invasion compared to patients with positive lymph node invasion were significantly better (80% vs 64.3% p= 0.009, 70.6% vs 66% p=0.018 respectively ) . Young patients who received (NCT) had poor SSR at 5 years compared to older patients (p= 0.005) . Chemo-induced menopause and irregular cycle were higher in the (ACT) population than in the (NCT) group ( 20.6% et 23.5% contre 18.8% et 18.8% , P =0.048 respectively ) , patients who received CTN compared to the CTA group showed a high rate of amenorrhea and regular cycle, respectively (50% et 12.5% contre 44.1% vs 11.8% , P =0.048 respectively ). Conclusion : Survival without recurrence at age 5 is poor among the young population in our sample ,fertility preservation methods should be used in women of reproductive age with breast cancer prior to starting treatment to reduce the impact of chemotherapy on their ovarian reserves. Keywords : Breast cancer - neoadjuvant chemotherapy – adjuvant chemotherapy – survival – prognosis – fertility.
- ItemEvaluation de l’antibiorésistance des souches bactériennes impliquées dans l’infection du pied diabétique(2021) TRAORE Kassoum; DJEBBAR Mousaab; Encadreur : MARROKI BOUSMAHARésumé : ( Français ) L’infection du pied diabétique entraîne une morbidité importante avec un risque d’amputation. La neuropathie et l’artériopathie sont les premiers facteurs intervenants du pied diabétique. Notre travail à pour but d’évaluer la diversité de la microflore du pied diabétique afin d’établir le profil bactériologique et d’étudier la résistance des souches incriminées dans l’infection du pied diabétique. Nous avons réalisé le travail sur un total de 13 souches responsables de l’infection du pied diabétique. L’identification des souches est effectuée à partir des critères morphologiques, physiologiques et biochimiques suivie de l’antibiogramme et de la cmi pour l’antibiothérapie. L’examen direct après isolement et coloration de gram a révélé la présence de 07 bacilles gram positifs, 04 cocci gram positifs et 02 bacilles gram négatifs. 02 souches de bacille gram négatif : Enterobacter cloaceae et Seratia liquefaciens sont identifiées par la galérie api 20e et 03 souches de cocci gram positif : Aerococcus viridans 1, Enterococcus durans et Enterococcus faecalis par la galerie API 20Strept. Nos isolats Enterobacter cloaceae et Serratia liquefaciens sont multirésistantes avec un taux de résistance de 100% à tous les antibiotiques testés : amoxicilline, pénicilline, acide fusidique, ceftiaxone et l’acide nalidixique. Aerococcus viridans 1, Enterococcus durans et Enterococcus faecalis ont un taux de résistance de 100% aux antibiotiques : amoxicilline, pénicilline, acide fusidique et 33,33% de taux de résistance à la vancomycine, à l’acide nalidixique et à l’oxacilline. La concentration minimale inhibitrice (CMI) à l’ampicilline pour Enterobacter cloaceae et à la vancomycine pour Enterococcus faecalis est de 5,12 mg/l. Par contre, pas de CMI pour la souche bacille gram positive (P4E1 S7) qui est très résistante à la vancomycine. Nos résultats témoignent de la sensibilité des souches après l’obtention d’une concentration minimale inhibitrice avec 02 de bacille Gram négatif et cocci Gram positif bien qu’il ait eu une multi résistante à la majorité des antibiotiques testés à partir de l’antibiogramme : Enterobacter cloaceae et Entérococcus faecalis. La multi résistance aux antibiotiques des bactéries est un facteur très important dans la prise en charge du pied diabétique. Mots clés : infection du pied diabétique, identification des souches, Galerie classique, Galerie Api système, Antibiogramme, CMI. Abstract : ( Anglais ) Infection of the diabetic foot causes significant morbidity with a risk of amputation. Neuropathy and arterial disease are the first intervening factors in diabetic foot. Our work aims to assess the diversity of the microflora of the diabetic foot in order to establish the bacteriological profile and to study the resistance of the strains implicated in the infection of the diabetic foot. We performed the work on a total of 13 strains responsible for diabetic foot infection. The identification of strains is carried out on the basis of morphological, physiological and biochemical criteria followed by the antibiogram and the cmi for antibiotic therapy. Direct examination after isolation and gram staining revealed the presence of 07 gram positive bacilli, 04 gram positive cocci and 02 gram negative bacilli. 02 strains of gram negative bacillus: Enterobacter cloaceae and Seratia liquefaciens are identified by the gallery api 20th and 03 strains of gram positive cocci: Aerococcus viridans 1, Enterococcus durans and Enterococcus faecalis by the API 20Strept gallery. Our Enterobacter cloaceae and Seratia liquefaciens isolates are multidrug resistant with a 100% resistance rate to all the antibiotics tested: amoxicillin, penicillin, fusidic acid, ceftiaxone and nalidixic acid. Aerococcus viridans 1, Enterococcus durans and Enterococcus faecalis have 100% resistance to antibiotics: amoxicillin, penicillin, fusidic acid and 33.33% resistance to vancomycin, nalidixic acid and oxacycline. The minimum inhibitory concentration (MIC) for ampicillin for Enterobacter cloaceae and vancomycin for Enterococcus faecalis is 5.12 mg / l. On the other hand, no MIC for the gram positive bacillus strain (P4E1 S7) which is very resistant to vancomycin. Our results testify to a therapeutic success after obtaining a minimum inhibitory concentration with 02 strains of gram negative bacillus and gram positive cocci although he had a multi resistant to the majority of the antibiotics tested from the antibiogram: Enterobacter cloaceae and Enterococcus faecalis. The multi-antibiotic resistance of bacteria is a very important factor in the management of diabetic foot. It is therefore essential to know the bacterial ecology of diabetic foot infections in health institutions to allow adequate management and optimal use of antibiotics, with the hope of reducing the risk of amputation and the emergence of multi-resistant bacteria Keywords: diabetic foot infection, identification of strains, classic gallery, Api System gallery, antibiotic resistance .
